Exploration de l'effet de certains inhibiteurs naturels sur les protéinases impliquées dans SARS-CoV-2 .

Abstract

Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 est à l'origine de la pandémie mondiale actuelle de la maladie COVID-19. Ce virus pénètre la cellule humaine en utilisant certaines protéases à sérine transmembranaires (TMPRSS2, 4, 11A, 11D, 11E) qui se trouvent à la surface de la cellule, tandis que ces propres cystéines protéases (Mpro et PLpro) clivent les polyprotéines virales pour libérer les protéines nécessaires à l’achèvement du cycle viral. En raison de leur rôle crucial, ces protéases ont été considérées comme des cibles thérapeutiques majeures pour inhiber le SARS-CoV-2. De nombreux médicaments synthétiques ont été utilisés pour le traitement de la COVID-19, cependant, leur faible efficacité et leur toxicité a poussé les scientifiques pour s’approfondir dans la recherche des composés anti-SARS-CoV-2 d’origine naturelle. Dans le but d’explorer l’effet des inhibiteurs naturels de protéases sur le SARS-CoV-2, nous avons réalisé une étude par docking moléculaire du 3TC2 et 5XOZ avec les protéases impliquées dans la propagation de ce virus. Les résultats obtenus suggèrent que les deux inhibiteurs sont doués d’un pouvoir inhibiteur, cependant, le mode d’inhibition diffère selon la protéase. Leur effet inhibiteur varie entre un effet compétitif et non compétitif, où ils ont pu interagir avec les protéases au niveau des sites actifs (PLpro, TMPRSS2, TMPRSS11D), site allostérique (Mpro) et au niveau des domaines peptidases (TMPRSS4, 11A, 11E). Les interactions avaient une énergie de liaison négative, cependant le score pondéré d’énergie dans les interactions du 3TC2 était toujours plus faible que celui de 5XOZ. On conclut que les deux inhibiteurs pourront représenter de bons inhibiteurs des protéases impliquées dans SARS-CoV-2, cependant le pouvoir inhibiteur du 3TC2 apparaît plus important.